No Parque estão inventariadas cerca de 200 espécies. Destas, cerca de 117 (58%) estão incluídas no anexo II da Convenção de Berna e 44 (22%) constam da lista de espécies ameaçadas do Livro Vermelho dos Vertebrados de Portugal e 10 (5%) são endemismos ibéricos.

A Rã-verde ou Rã-comum, Rana perezi, é o anfíbio mais abundante e fácil de observar em Portugal. Geralmente não ultrapassa os 7 cm de comprimento. Possui olhos proeminentes, próximos entre si, com pupila horizontal.

A salamandra-lusitânica ou saramântiga é um anfíbio pertencente à ordem Caudata, endémico do noroeste da Península Ibérica. É a única espécie do género Chioglossa. A sua cauda pode atingir dois terços do comprimento do corpo.